凝膠過濾是通過分子篩大小分離不同物質，通常用于脫鹽蛋白質溶液。對于具有分子量測定的蛋白質溶液，可以通過比較分子量來估計靶蛋白的洗脫時間。蛋白質的性質只能跟隨每個蛋白質峰，然后進行鑒定。如何比較蛋白質的分子量來估計目標蛋白質的洗脫時間？

如果分子量大，則不能進入凝膠的孔隙。洗脫時間短，分子量小，進入凝膠孔。洗脫時間很長，但這是相對的。例如，兩個大蛋白分子不能進入內孔。然后它們將同時洗脫并且不能分離，因此凝膠適合于具有大分子量差異的蛋白質之間的分離。